Dodatkowo lekarz może zlecić wykonanie badań krwi. Tylko lekarz może to zrobić i tylko on powinien odczytywać i opiniować wyniki.  Do najczęściej zlecanych badań krwi należy:

• Gazometria (równowaga kwasowo-zasadowa, RKZ) standardowe badanie maluszków z WWS w szpitalu, ale nie tylko. Może być pobrane z palca (krwi włośniczkowej do niewielkiej rurki). Polega na określeniu kilku kluczowych parametrów: pH krwi, całkowitej zawartości dwutlenku węgla (tCO2), prężności tlenu (pO2) i dwutlenku węgla (pCO) rozpuszczonego we krwi, a także saturacji i nadmiaru lub niedoboru zasad (BE). U dzieci z WWS potrzebne przede wszystkim do oceny wydolności płuc i serca, ale także funkcjonowania wątroby czy nerek.
• Morfologia ze szczególnym uwzględnieniem poziomu erytrocytów, hemoglobiny, hematokrytu (przy wadach serca dostawa tlenu do komórek może być zmniejszona, wówczas organizm stara się dostarczyć go poprzez zwiększenie produkcji czerwonych krwinek (erytrocytów), za czym idzie także zwiększenie stężenia hemoglobiny we krwi).
• NT-proBNP (peptyd, którego poziom we krwi określa się w celu oceny niewydolności serca). Normy dla zdrowego człowieka z reguły odbiegają od tych, które można obserwować u dzieci z WWS.
• Elektrolity – wahania poziomu sodu i potasu mogą wystąpić przy nierzadkich u dzieci z WWS: biegunkach, wymiotach i problemach z jedzeniem, ale także w czasie przyjmowania diuretyków i innych leków, dlatego warto je kontrolować.
• CRP, poziom leukocytów. To parametry zapalne, badane w przypadku podejrzenia infekcji różnego typu. Podwyższony poziom CRP może sugerować infekcję wirusową, przy infekcji bakteryjnej może być on bardzo wysoki i wskazywać konieczność zastosowania antybiotyku 
• D-dimery– to fragmenty białka, jego stężenie może być podniesione w momencie pojawienia się (a dokładniej w procesie rozpuszczania) skrzepliny w naczyniu krwionośnym.
• Kreatynina – jeden z markerów pozwalających monitorować stan nerek. Oznaczany nie tylko rutynowo dla oceny ich pracy, ale też m.in. w przypadku planowanych zabiegów z podaniem kontrastu (by określić, czy organizm ma możliwość jego wydalania). 
• Poziom digoxyny (inaczej poziom naparstnicy), określany wówczas, gdy przyjmowane są leki na bazie naparstnicy, w celu utrzymania i kontroli optymalnego, terapeutycznego poziomu, który wynosi od 0,8 do 2 ng/ml.
• TSH – hormony tarczycy– przyjmowanie niektórych leków nasercowych może powodować konieczność regularnej kontroli tarczycy.
• Białko całkowite – badanie to polega na oznaczeniu stężenia wszystkich białek obecnych w osoczu lub surowicy krwi. Ich wysokość pozwala na ocenę pracy wielu narządów, w tym nerek i wątroby, w której produkowana jest większość z nich. Zdecydowaną większość białka całkowitego stanowią albuminy i gamma-globuliny. Poziom białka we krwi oraz, rzadziej zlecana, elektorforeza białek surowicy jest istotna zwłaszcza w przypadku wad, których powikłaniem może być pojawienie się zespołu utraty białka czyli enteropatii wysiękowej.
• Albuminy– białka produkowane przez wątrobę. Kontrola ich stężenia w surowicy, jak i w kale jest konieczne po operacji Fontana, by wykluczyć (lub zdiagnozować) powikłanie w postaci zespołu utraty białka. 
• ALAT, ASPAT (a także GGTP) – próby wątrobowe, określające stan wątroby, kontrola ich wysokości jest istotne przede wszystkim po operacji Fontana, która wymusza nieanatomiczny obieg krwi, który obciąża wątrobę.
• Ferrytyna – białko umożliwiające utrzymanie żelaza w wątrobie w bezpiecznej dla organizmu postaci – określenie wysokości ferrytyny
  pomaga ocenić stan wątroby, zaburzenia metaboliczne czy stan zapalny. Jej kontrola polecana jest zwłaszcza po operacji Fontana.

Poniżej przedstawiono wartości referencyjne peptydu NT-proBNP dla zdrowych dzieci. U dzieci z wadami serca mogą być one nawet kilkukrotnie wyższe. Każde laboratorium może mieć też odmienne normy: